Auf dem Rückweg kurz vor dem Ausgang befindet sich das Museum. Die während der Ausgrabungen gefundenen Keramik- und Werkzeugfragmente sind hier chronologisch ausgestellt. Zudem sind die verschiedenen vor- und frühgeschichtlichen Siedlungsepochen von Filitosa und dem Mittelmeerraum übersichtlich dargestellt und wissenschaftliche Hypothesen über Filitosa anschaulich erläutert.